Según relata la historia, a mediados del siglo XVII, un humilde esclavo mulato de nombre anónimo, plasmó la imagen de Cristo en la cruz al pintarla en un muro de adobe que se encontraba en el muladar de Pachacamilla, un barrio pobre de la capital. El 13 de noviembre de 1655, a las 2:45 de la tarde, un violento terremoto sacudió a las ciudades de Lima y Callao, derribando incontables casas y edificios, causando miles de muertos y damnificados. Todas las paredes de la cofradía donde se encontraba la imagen se derrumbaron, excepto el muro de adobe del Cristo, el cual quedó intacto, sin sufrir un solo rasguño.

El inexplicable hecho cautivó la atención de un gran número de admiradores, dando inicio al culto popular de la imagen, aunque no era aceptada por la Iglesia Católica de la época. Esto suscitó el empeño de las autoridades eclesiásticas por erradicarlo e impulsó la iniciativa para lograr la destrucción de la imagen "pagana".Se envió a un pintor para que la destruyera pintando sobre ella.

Cuentan que al momento de subir una escalera con el fin de borrarla, el hombre sufrió de un ataque de temblores y de una impresión tan grande, que esto impidió que cumpliera su cometido. A un segundo hombre, de nombre Balcázar, y a un tercero, se les fue encomendada la misma tarea, fracasando en el intento. Un segundo terremoto, esta vez en 1687, repitió el fenómeno del primero cuando la capilla donde se encontraba fue derribada nuevamente, quedando en pie sólo el muro con la imagen. Fue así como la Iglesia aprobó y consagró su culto. Más tarde, se elaboró una copia al óleo del Nazareno con el fin de llevarla en procesión por la ciudad, partiendo del convento de las Nazarenas.

En Barranco esta increíble devoción al Cristo de los Milagros, se inicia en el año 1945, cuando el R.P. Alfonso Zaplana Belliza, es trasladado de la parroquia de Chorrillos a la de Barranco. No contaba en esos momentos con un templo apropiado para poder reunirse con la feligresía, la iglesia antigua : "la Ermita", fue cerrada, después del terremoto de 1940, ésta quedo muy dañada.